帝命还导朝服，召见之。导稽首曰：“逆臣贼子，何代无之，不意今者近出臣族！”帝跣而执其手曰：“茂弘，方寄卿以百里之命，是何言邪！”
三月，以导为前锋大都督，加戴渊骠骑将军。诏曰：“导以大义灭亲，可以吾为安东时节假之。”以周顗为尚书左仆射，王邃为右仆射。帝遣王廙往谕止敦；敦不从而留之，廙更为敦用。征虏将军周札，素矜险好利，帝以为右将军、都督石头诸军事。敦将至，帝使刘隗军金城，札守石头，帝亲被甲徇师于郊外。以甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆‖梁二州诸军事，陶侃领江州刺史；使各帅所统以蹑敦后。
敦至石头，欲攻刘隗。杜弘言于敦曰：“刘隗死士众多，未易可克；不如攻石头。周札少恩，兵不为用，攻之必败，札败则隗自走矣。”敦从之，以弘为前锋，攻石头，札果开门纳弘。敦据石头。叹曰：“吾不复得为盛德事矣！”谢鲲曰：“何为其然也！但使自今已往，日忘日去耳。”
帝命刁协、刘隗、戴渊帅众攻石头，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，协等兵皆大败。太子绍闻之，欲自帅将士决战；升车将出，中庶子温峤执鞚谏曰：“殿下国之储副，柰何以身轻天下！”抽剑斩鞅，乃止。
敦拥兵不朝，放士卒劫掠，宫省奔散，惟安东将军刘超按兵直卫，及侍中二人侍帝侧。帝脱戎衣，着朝服，顾而言曰：“欲得我处，当早言！何至害民如此！”又遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安；如其不然，朕当归琅邪以避贤路。”
刁协、刘隗旣败，俱入宫，见帝于太极东除。帝执协、隗手，流涕呜咽，劝令避祸。协曰：“臣当守死，不敢有贰。”帝曰：“今事逼矣，安可不行！”乃令给协、隗人马，使自为计。协老，不堪骑乘，素无恩纪，募从者，皆委之，行至江乘，为人所杀，送首于敦。隗奔后赵，官至太子太傅而卒。
帝令公卿百官诣石头见敦，敦谓戴渊曰：“前日之战，有余力乎？”渊曰：“岂敢有余，但力不足耳！”敦曰：“吾今此举，天下以为何如？”渊曰：“见形者谓之逆，体诚者谓之忠。”敦笑曰：“卿可谓能言。”又谓周顗曰：“伯仁，卿负我！”顗曰：“公戎车犯顺，下官亲帅六军，不能其事，使王旅奔败，以此负公。”
辛未，大赦；以敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，并让不受。
初，西都覆没，四方皆劝进于帝。敦欲专国政，忌帝年长难制，欲更议所立，王导不从。及敦克建康，谓导曰：“不用吾言，几至覆族。”
敦以太子有勇略，为朝野所向，欲诬以不孝而废之。大会百官，问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉。峤曰：“钩深致远，盖非浅局所量；以礼观之，可谓孝矣。”众皆以为信然，敦谋遂沮。
帝召周顗于广室，谓之曰：“近日大事，二宫无恙，诸人平安，大将军固副所望邪？”顗曰：“二宫自如明诏，臣等尚未可知。”护军长史郝嘏等劝顗避敦，顗曰：“吾备位大臣，朝廷丧败，宁可复草间求活，外投胡、越邪！”敦参军吕猗，尝为台郎，性奸谄，戴渊为尚书，恶之。猗说敦曰：“周顗、戴渊，皆有高名，足以惑众，近者之言，曾无怍色，公不除之，恐必有再举之忧。”敦素忌二人之才，心颇然之，从容问王导曰：“周、戴南北之望，当登三司无疑也。”导不答。又曰：“若不三司，止应令仆邪？”又不答。敦曰：“若不尔，正当诛尔！”又不答。丙子，敦遣部将陈郡邓岳收顗及渊。先是，敦谓谢鲲曰：“吾当以周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”是日，又问鲲：“近来人情何如？”鲲曰：“明公之举，虽欲大存社稷，然悠悠之言实未达高义。若果能举用周、戴，则羣情贴然矣！”敦怒曰：“君粗疏邪！二子不相当，吾已收之矣！”鲲愕然自失。参军王峤曰：“"济济多士，文王以宁。"柰何戮诸名士！”敦大怒，欲斩峤，众莫敢言。鲲曰：“明公举大事，不戮一人。峤以献替忤旨，便以衅鼓，不亦过乎！”敦乃释之，黜为领军长史。峤，浑之族孙也。