卓之死也，左中郎将高阳侯蔡邕在王允坐，闻之惊叹。允勃然，叱之曰：“董卓国之大贼，几亡汉室，君为王臣，所宜同疾，而怀其私遇，反相伤痛，岂不共为逆哉！”卽收付廷尉。邕谢曰：“身虽不忠，古今大义，耳所厌闻，口所常玩，岂当背国而向卓也！愿黥首刖足，继成汉史。”士大夫多矜救之，不能得。太尉马日磾谓允曰：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典；而所坐至微，诛之，无乃失人望乎！”允曰：“昔武帝不杀司马迁，使作谤书流于后世。方今国祚中衰，戎马在郊，不可令佞臣执笔在幼主左右，旣无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”日磾退而告人曰：“王公其无后乎！善人，国之纪也；制作，国之典也；灭纪废典，其能久乎！”邕遂死狱中。
初，黄门侍郎荀攸与尚书郑泰、侍中种辑等谋曰：“董卓骄忍无亲，虽资强兵，实一匹夫耳，可直刺杀也。”事垂就而觉，收攸系狱，泰逃奔袁术。攸言语饮食自若，会卓死，得免。
青州黄巾寇兖州，刘岱欲击之，济北相鲍信谏曰：“今贼众百万，百姓皆震恐，士卒无鬬志，不可敌也。然贼军无辎重，唯以钞略为资。今不若畜士众之力，先为固守；彼欲战不得，攻又不能，其势必离散，然后选精锐，据要害，击之可破也。”岱不从，遂与战，果为所杀。
曹操部将东郡陈宫谓操曰：“州今无主，而王命断绝，宫请说州中纲纪，明府寻往牧之，资之以收天下，此霸王之业也。”宫因往说别驾、治中曰：“今天下分裂而州无主；曹东郡，命世之才也，若迎以牧州，必宁生民。”鲍信等亦以为然，乃与州吏万潜等至东郡，迎操领兖州刺史。操遂进兵击黄巾于寿张东，不利。贼众精悍，操兵寡弱，操抚循激励，明设赏罚，承间设奇，昼夜会战，战辄禽获，贼遂退走。鲍信战死，操购求其丧不得，乃刻木如信状，祭而哭焉。诏以京兆金尚为兖州刺史，将之部，操逆击之，尚奔袁术。
五月，以征西将军皇甫嵩为车骑将军。
初，吕布劝王允尽杀董卓部曲，允曰：“此辈无罪，不可。”布欲以卓财物班赐公卿、将校，允又不从。允素以剑客遇布，布负其功劳，多自夸伐，旣失意望，渐不相平。允性刚棱疾恶，初惧董卓，故折节下之。卓旣歼灭，自谓无复患难，颇自骄傲，以是羣下不甚附之。
允始与士孙瑞议，特下诏赦卓部曲，旣而疑曰：“部曲从其主耳。今若名之恶逆而赦之，恐适使深自疑，非所以安之也。”乃止。又议悉罢其军，或说允曰：“凉州人素惮袁氏而畏关东，今若一旦解兵开关，必人人自危。可以皇甫义真为将军，就领其众，因使留陕以安抚之。”允曰：“不然。关东举义兵者，皆吾徒也，今若距险屯陕，虽安凉州，而疑关东之心，不可也。”
时百姓讹言当悉诛凉州人，卓故将校遂转相恐动，皆拥兵自守，更相谓曰：“蔡伯喈但以董公亲厚尚从坐；今旣不赦我曹而欲使解兵，今日解兵，明日当复为鱼肉矣。”吕布使李肃至陕，以诏命诛牛辅，辅等逆与肃战，肃败，走弘农，布诛杀之。辅恇怯失守，会营中无故自惊，辅欲走，为左右所杀。李傕等还，辅已死，傕等无所依，遣使诣长安求赦。王允曰：“一岁不可再赦。”不许。傕等益惧，不知所为，欲各解散，间行归乡里，讨虏校尉武威贾诩曰：“诸君若弃军单行，则一亭长能束君矣；不如相率而西，以攻长安，为董公报仇，事济，奉国家以正天下；若其不合，走未晚也。”傕等然之，乃相与结盟，率军数千，晨夜西行。王允以胡文才、杨整修皆凉州大人，召使东，解释之，不假借以温颜，谓曰：“关东鼠子，欲何为邪？卿往呼之！”于是二人往，实召兵而还。
傕随道收兵，比至长安，已十余万，与卓故部曲樊稠、李蒙等合围长安城，城峻不可攻，守之八日。吕布军有叟兵内反，六月，戊午，引傕众入城，放兵虏掠。布与战城中，不胜，将数百骑以卓头系马鞍出走，驻马青琐门外，招王允同去。允曰：“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也；如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，临难苟免，吾不忍也。努力谢关东诸公，勤以国家为念！”太常种拂曰：“为国大臣，不能禁暴御侮，使白刃向宫，去将安之！”遂战而死。